أُحدث صندوق الودائع والأمانات بموجب المرسوم عدد 85 لسنة 2011 المؤرخ في 13 سبتمبر 2011 في شكل مؤسسة عموميّة تتمتّع بالشّخصية المعنوية وبالاستقلال المالي وتخضع إلى قواعد التّشريع التّجاري ولا تخضع إلى أحكام القانون عدد 9 لسنة 1989.
وضبط الأمر عدد 4087 لسنة 2011 التنظيم الإداري والمالي للصندوق وطرق تسييره، ولا يخضع أعوانه لأحكام القانون عدد 78 لسنة 1985. ويشرف على تسييره مدير عام يباشر مهامّه تحت رقابة هيئة مراقبة يترأسها وزير الماليّة.